No interior de Minas Gerais, Eugênio, filho de fazendeiros, passa a infância ao lado de Margarida, filha de uma simples agregada da fazenda. Dessa convivência nasce o amor. Para evitar que o caso de amor progrida, os pais de Eugênio o internam em um seminário, obrigando-o a seguir a carreira eclesiática. O tempo passa mas Eugênio não esquece Margarida. Com a ajuda dos padres, seus pais inventam a notícia do casamento da moça, o que desilude Eugênio e o faz decidir-se pela vida de padre.
Certo dia,porém, ao voltar para a vila natal, ele é chamado a socorrer uma moça doente. Era Margarida. Ela lhe conta toda a verdade: tinha sido expulsa da fazenda, com a sua mãe, já morta, passava necessidades e não tinha casado com ninguém, pois ainda o amava. A paixão renasce com aquela visita e no dia seguinte os dois entregam-se ao amor.
Atormentado pelo remorso, Eugênio se prepara para rezar sua primeira missa quando alguém o chama para encomendar um cadáver que acabou de chegar à igreja. Era o corpo de Margarida. Eugênio não resiste ao choque e na hora da missa enlouquece.
Em O seminarista, Bernardo Guimarães faz um típico romance de tese, querendo provar o equívoco do celibato religioso, que deforma o homem, e do autoritarismo familiar, que não permite ao jovem seu próprio caminho na vida.