O Arquipélago continua coma história da família Terra Cambará com o Dr. Rodrigo.
Entrelaçada pelas várias partes de Reunião de Família, a história da família se reunindo após a queda de Vargas, com Rodrigo a beira da morte em 1945 continua a história de Rodrigo e Toríbio. Depois de dois infartos e sofrendo de edema pulmonar, Rodrigo passa ao tempo todo acamado, com a amante num hotel da cidade [ela veio do Rio de Janeiro por conta própria], e os filhos desentendidos. Floriano, o intelectual passivo está apaixonado por Sílvia, mulher de seu irmão Jango, um homem simples. Eduardo milita o comunismo e ataca o pai até em praça pública, enquanto Bibi simplesmente se sente deslocada em Santa Fé, com o segundo marido. Maria Valéria está cega e Flora mantém um casamento apenas de fachada com Rodrigo. A maioria do tempo vêem-se discussões políticas entre Rodrigo, Tio Bicho [amigo da família e confessor de Floriano], Irmão Zeca [filho bastardo de Toríbio, um irmão marista], Terêncio Prates [sociólogo formado pela Sorbonne e estancieiro], acabando sempre na figura de Getúlio Vargas que Rodrigo tanto defende. Rodrigo enquanto isto também desobedece às ordens de Dante Camerino, seu médico [ele chegou a ter um encontro com a amante] e Floriano confessa a Tio Bicho o que sente por Rodrigo.
As anotações [Caderno de Pauta Simples] de seu filho mais velho, o escritor Floriano, também intercalam a história. Elas são um preenchimento de lacunas sobre acontecimentos menores da história; reminiscências de infância e adolescência, onde se lembra como se sentia por Rodrigo, o colégio interno onde era um dos amantes da mulher do diretor [eram ambos pederastas]; impressões sobre o dia a dia daquela reunião; memórias de quando era professor universitário de Literatura Brasileira em São Francisco, onde reencontra Mandy Patterson, a americana que namorara no RJ e o afastou de Sílvia. E aparece também um germe para o romance que pretende escrever, fechando duzentos anos de história, que é na verdade a história da própria família Terra Cambará, dando caráter autobiográfico ao personagem [ele vai afinal, escrever o livro que agora lemos], começando pela história de Pedro Missioneiro, uma que ele não chegou a conhecer já que Ana Terra nunca revelou. Essas duas últimas citações dão caráter autobiográfico a Floriano, já que o autor foi professor de Literatura Brasileira e, bem, escreveu esta história.
O deputado, que conta sobre Rodrigo em 1922, deputado estadual chimango. Mas a desilusão com o partido que ele e seu pai passam a sofrer leva ele a renunciar ao cargo com um discurso inflamado na assembleia municipal. Passa então mais uma noitada no Rio e volta para Santa Fé e discute política com os amigos e se prepara psicologicamente com o irmão para a revolução que eles temem que virá.
Lenço encarnado conta sobre a revolução de 23 e a participação dos Cambarás. Por causa das fraudes nas eleições estaduais, começas uma luta entre os borgistas [chimangos, situação, inimigos dos Cambarás] e assisitas [maragatos, oposição, derrotados pela fraude, ironicamente com a participação dos ex-inimigos jurados dos Cambarás] A revolução começa em janeiro e as tropas dos maragatos se reúnem, mas só partem com o consentimento e sob o comando de Licurgo quando Alvarino Amaral decide lutar separado. É um sinal das cicatrizes que ficaram da revolução de 95, quando a filha de Licurgo, seu sogro e um agregado morreram. A coluna dos Cambará leva Miguel Ruas, o promotor que nem sequer gaúcho era; Liroca, quixotesco; a Cacique Fagundes e Juquinha Macedo, dois chefes tradicionais [o primeiro morre]; caboclos pegos no meio do caminho [vários dos quais morrem]; Rodrigo, Toríbio e Licurgo. Eles marcham pelo estado, andando mais que lutando, e por estas batalhas caem uns e tomam-se munição e outras coisas. Ruas morre na tomada de Santa Fé e Licurgo numa das últimas batalhas, com Rodrigo ao seu lado gritando por um médico, esquecido que ele mesmo era um. Por todo este tempo as mulheres e crianças ficam no Sobrado, Flora desesperada [este capítulo revela que Flora conhece as escapadas do marido, a de Toni Weber em especial] e Maria Valéria cuidando de tudo. A revolução acaba em outubro, com vários mortos e uma paz que manda que o governador reeleito Borges de Medeiros não o seja mais e outras concessões.
Um certo Major Toríbio é a parte que relata sobre os três anos seguintes, as revoltas contra Artur Bernardes, presidente na maioria do tempo em que isto se passa [Washington Luís toma posse mais para o fim]. Toríbio se junta, contra a vontade de Rodrigo, a Coluna Prestes. Mas ele só é visto mais ao final da história, que se passa a volta de Rodrigo, chocado pela morte da filha [ele leva um ano para se recuperar, ainda assim nem muito] e ainda perturbado com a do pai. Mostra também a partida do quieto Floriano, já com jeito para letras, para estudar em Porto Alegre. Quando finalmente recebe notícias de seu irmão, vindas do já tenente-coronel Rubim, Rodrigo parte para o Rio e Toríbio é liberto da prisão. Chegando ao Sobrado, Toríbio conta de sua experiência com a Coluna Prestes aos mais chegados e como só se salvara de morrer porque um militar cujo a vida Rodrigo salvou era o responsável pela execução. Mas foi preso ainda assim. É importante dizer também que, desiludido com a medicina após a morte de Alicinha, Rodrigo vende a farmácia e a Casa de Saúde aos médicos que o ajudavam, Dante Camerino e Carlo Carbone, fecha o consultório e entrega a administração do Angico ao sogro.
O cavalo e o obelisco é a história da Revolução de 1930, mostrada desde poucos meses antes até poucos dias depois. A medida que a tensão cresce vai mostrando-se a confusão de sentimentos sobre o Getúlio Vargas que Rodrigo esgosta e vem a admirar tanto mais tarde. Como o pai, Rodrigo é obrigado a se aliar com os antigos inimigos [Laco Madruga dessa vez] relutantemente. Floriano, já mais velho, parasitando de modo ainda mais relutante em Rodrigo e sentindo-se mal por isso é obrigado pelo pai. Homem de paz, quando durante a tomada da guarnição federal de Santa Fé o pai é ameaçado de morte por um homem que era amigo, Floriano não o mata em defesa do pai, mesmo depois que este já havia sido alvejado pelo Tenente no ombro. Floriano foge então sendo chamado de covarde pelo pai. O homem, Tenente Bernardo Quaresma, estava acuado no escritório, não tendo sentido a explosão das granadas por estar acompanhado de um cachorro, que depois assombrou Santa Fé. Rodrigo acaba por dar o primeiro dos tiros que mata este Tenente, que era apaixonado pela mulher com quem Rodrigo estava traindo Flora na época, uma poetisa. Rodrigo passa a se atormentar pela morte de Quaresma a partir daquele dia. Depois ele se encontra com Getúlio Vargas na estação, faz um discurso dramático e parte para o Rio de Janeiro.
Noite de Ano-Bom mostra um único dia: 31/12/1937. Começando com o enterro da mãe de Arão Stein, que se encontra na Guerra Civil na Espanha, financiado por Rodrigo. Eduardo, influenciado por Stein, já principia a militar o comunismo. Floriano se sente um covarde por não ter revelado à Sílvia seus sentimentos, que agora percebe o quanto eram profundos ao vê-la, no dia de seu noivado com Jango. Então se lembra do relacionamento com a americana no RJ que o afastou de Sílvia. Já aqui a história se foca mais em Floriano que Rodrigo e mostra o quão corrompida foi a família desde 1930. O noivado realiza-se sob um clima pesado com Rodrigo defendendo, apesar de ainda não ter digerido, o Estado Novo de todos, inclusive seu irmão Toríbio. Escala também o nazi-fascismo em Santa Fé. Corre tudo relativamente bem, exceto pelo desentendimento entre Toríbio e Rodrigo, até que alguém propõem um brinde à Getúlio Vargas e ao Estado Novo. Toríbio se revolta, faz um pequeno escândalo e sai com Floriano para um baile numa das favelas de Santa Fé. Tentando seduzir uma jovem mulata, mete-se numa briga com o outro pretendente. Floriano ainda ataca um de seus inimigos com uma garrafada [gesto que não pode realizar em prol do pai], mas muita tarde. Toríbio é ferido na virilha e se esvai em sangue, chegando morto ao hospital, suas últimas palavras sendo 'Um piazinho de merda..'.
Do diário de Sílvia vem o preenchimento dos anos seguintes à tragédia, com impressões sobre seus sentimentos em relação a Floriano, quase idênticos aos que este sentia; o casamento infeliz e sem amor com Jango; as dúvidas quanto a sua religiosidade; a correspondência com Floriano; as confidências com e de Arão Stein [de volta da Espanha. Mais tarde expulso do PC, começa a enlouquecer] e Zeca [já usando o nome de Irmão Toríbio]. Lembra-se também da infância infeliz e como idolatrava a 'gente do Sobrado', sentindo-se em incesto quando dorme com Jango. E registra as reações em relação à guerra, a volta de Pepe Garcia e o que Floriano lhe escreve dos EUA.
Encruzilhada, a última parte, tem um título que define a situação em que a família, e o país se encontra naquele final de 1945: estão numa encruzilhada da vida. Começa a história com Arão Stein, enlouquecido pela expulsão do PC se matando, enforcado na figueira na paraça central de Santa Fé. Em seguida passa-se seu funeral e enterro [Rodrigo não fica sabendo], onde Rodrigo, Zeca e Roque Bandeira discutem mais uma vez. Stein é enterrado sem ter a alma encomendada, como todo suicida. No Sobrado, Floriano se cruza com Sílvia, abraça-a e beija-a, mas ambos se separam e ela foge. Depois ele e Sílvia tem uma conversa séria e ela lhe entrega para ler seu diário. Antes de lê-lo, Floriano tem a conversa definitiva no qual desabafa tudo o que pensava e sentia sobre sua relação com o pai, cortando definitivamente o cordão umbilical que os prendia, reconciliando-se com ele e consigo mesmo. Rodrigo, já liberado por Dante para voltar ao Rio, manda Sônia, sua amante de volta antes e planeja romper com ela. Floriano sobe até seu refúgio no sótão e lê o diário de Sílvia, sente-se afinado, inveja Zeca por ter com ela uma intimidade que ele nunca terá e finalmente lê a última frase onde ela revela estar grávida. Rodrigo e Flora ouvem isto e ficam felizes. Rodrigo prepara-se então para voltar ao RJ, mas morre antes. Seu funeral se processa como era de se esperar. Na Encruzilhada morre Laco Madruga, vê-se todos os personagens por uma última vez e muito é revelado. Floriano planeja construir as pontes que ligarão sua ilha a este Arquipélago de pessoas. E ao final, enquanto o neto de Alvarino Amaral, admirador do escritor e conterrâneo Floriano Cambará, compõem seu primeiro poema e pensa em se aconselhar com ele, Floriano escreve as primeiras linhas de seu romance catártico que contará a história de sua família: as primeiras palavras de O Continente